MedicalXpress网站8月6日消息称,哈佛大学威斯生物工程研究所、麻省理工学院(MIT)和波士顿地区几家医院的研究人员发明了一种价格低廉、基于CRISPR的诊断测试,允许用户在家中使用唾液样本检测自己是否感染SARS-CoV-2和多种病毒变体,不需要额外的仪器。发表在Science Advances杂志上的一篇论文描述了这种诊断设备。
这种诊断设备被称为微型仪器SHERLOCK(miSHERLOCK),易于使用,可以在一小时内通过配套的智能手机应用程序读取和验证结果。它在实验中成功区分了三种不同的SARS-CoV-2变体,并可以快速重新配置,以检测额外的变体,如Delta。该设备可以使用3D打印机和常用部件组装,成本约为15美元,重复使用硬件可以将单个检测的成本降至6美元。
对于诊断中的SARS-CoV-2检测部分,研究小组采用了一项基于CRISPR的技术,称为“特异性高灵敏度酶切报告基因解锁”(SHERLOCK)。SHERLOCK利用CRISPR的“分子剪刀”来剪断特定位置的DNA或RNA,还有一个额外的好处:这种特定类型的剪刀也会剪断周围区域的其他DNA片段,使其能够与核酸探针分子进行合作,产生表明目标被成功剪断的信号。研究人员创造了一个SHERLOCK反应,旨在切割SARS-CoV-2 RNA的核蛋白基因的特定区域,该区域在该病毒的多个变体中是保守的。当一种叫做Cas12a酶的分子剪刀成功地与核蛋白基因结合并切割时,单链DNA探针也被切割,产生一个荧光信号。他们还创建了额外的SHERLOCK检测,旨在针对代表三种SARS-CoV-2遗传变异的刺突蛋白序列中的一组病毒突变Alpha、Beta和Gamma。
用户更容易收集唾液,而且研究表明,在感染后的更多天里,可以在唾液中检测到SARS-CoV-2。但未经加工的唾液本身也存在挑战:它含有降解各种分子的酶,产生很高的误报率。研究人员开发了一种新技术来解决这个问题。首先,他们将两种称为DTT和EGTA的化学物质添加到唾液中,并将样品加热至95°C约3分钟,这消除了未经处理的唾液中的假阳性信号。然后,他们加入了一种多孔膜,该膜设计用于在其表面捕获RNA,最终可以将其直接添加到SHERLOCK反应中以产生结果。