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3月31日_SARS-CoV-2 的sarbecovirus谱系的进化起源

编译者:zhangmin发布时间:Apr 2, 2020点击量:6127 来源栏目:病毒溯源

1.时间:2020年3月31日

2.机构或团队:宾夕法尼亚州立大学帕克分校、比利时鲁汶大学、西交利物浦大学、香港大学、德州大学、英国爱丁堡大学、英国格拉斯哥大学

3.事件概要:

3月31日,bioRxiv预印本平台发表了来自宾夕法尼亚州立大学帕克分校、比利时鲁汶大学、西交利物浦大学等机构的研究团队的题为“Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic”的文章。该文章指出,SARS-CoV-2在进化论上存在着悬而未决的问题,包括:(1)该新型病毒与SARS相关的冠状病毒的关系;(2)蝙蝠作为储存宿主物种的作用;(3)其他哺乳动物在事件中的潜在作用;(4)重组在病毒出现中的作用。

该研究发现,SARS-CoV和SARS-CoV-2的出现的病毒亚属sarbecovirus表现出频繁的重组,但SARS-CoV-2谱系本身并不是迄今为止检测到的任何病毒的重组体。为了采用系统发育学方法来确定SARS-CoV-2与蝙蝠sarbecovirus之间的分化事件的日期,该研究用三种独立的方法对sarbecovirus 68个基因组的的对位排列后的重组区域进行了剔除。贝叶斯进化率和发散日期的估计对所有三个无重组配位都是一致的,而且对基于HCoV-OC43和MERS-CoV进化率的两种不同的先验规范也是稳健的。研究发现,SARS-CoV-2和蝙蝠sarbecovirus之间的分化日期估计为1948年(95% HPD:1879-1999)、1969年(95% HPD:1930-2000)和1982年(95% HPD:1948-2009)。文章指出,尽管自SARS以来,对sarbecovirus的特征进行了强化鉴定,但产生SARS-CoV-2的谱系在蝙蝠中数十年而不被注意,并被传染给其他宿主如穿山甲等。该文章指出,在十七年内第三种重大的冠状病毒的出现,加上高流行率和蝙蝠病毒的多样性,意味着这些病毒很可能再次跨越物种界限。

*注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。

4.附件:

原文链接https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.30.015008v1

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