1.时间：2020年1月26日

2.机构或团队：中国科学院古脊椎动物与古人类研究所、中国科学院生物演化与环境卓越创新中心

3.事件概要：

中国科学院古脊椎动物与古人类研究所和中国科学院生物演化与环境卓越创新中心从全球共享禽流感数据倡议组织（Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID）下载了24个2019-nCoV基因组序列（截至2020年1月24日，26个原始序列，排除其中2个异常值），使用贝叶斯框架推断出经时间校准的系统发育和和随时间变化的表示流行病动态的有效生殖数（Re）。于2020年1月26日在bioRxiv预印版平台发表“Origin time and epidemic dynamics of the 2019 novel coronavirus”。

系统发育数据揭示了24种BetaCoV病毒的分歧时间和关系，来自武汉的样本形成了一个并系群，其余样本则形成了一个单系进化枝。研究人员认为，这两个支系之间并没有分歧，因为它们的序列非常相似，这说明暴发还处于早期阶段。

该研究估计疫情开始时间为最新样本日期2020年1月18日之前的31.9天（中位数31.9天，95%的最高后验密度区间：26.3天到43.8天），即预计为2019年12月17日（2019年12月5日到2019年12月23日）。这在最初这些群集报告之前的平均14天之内，再次表明该暴发处于早期阶段。

研究人员使用在BEASK2的BDSKY软件包中实现的BDSS模型来推断系统发育、分歧时间和2019-nCoV的流行动态。该模型具有重要的流行病学参数，即有效生殖数Re，其定义为在流行期间由感染者引起的预期的继发感染数。该模型允许Re随时间变化，从而使其动力学估算变得可行。Re > 1.0表示病例数在增加，疫情在扩大，而Re <1.0表示疫情在减弱，将会消失。其它两个参数是非传染性比率δ和采样比例p，假定为随时间恒定。该疫情在12月31日之前呈早期上升趋势，Re约为2.0，从2020年1月13日至15日，这一数值增加到2.5以上。这与其它一些报道Re在3.3到5.5之间的研究一致。相比之下，香港在控制前阶段SARS的Re值估计为2.7至3.6。

研究人员表示，该研究分析中仅使用了24个样本，不到所报告的感染患者人数的2％。随着更多病毒的序列测序，研究人员期望获得更可靠的估计，这将为2019-nCoV疫情提供更好的见解。