1.时间:2020年3月10日
2.机构或团队:美国胡德学院、美国弗吉尼亚大学医学院
3.事件概要:
美国胡德学院和弗吉尼亚大学医学院的研究人员在bioRxiv预印版平台发表论文“In silico approach to accelerate the development of mass spectrometry-based proteomics methods for detection of viral proteins: Application to COVID-19”。
文章指出关于新型冠状病毒的一个问题是能否充分筛查出导致COVID-19 (SARS-CoV-2)的病毒。研究人员通过检测蛋白水解消化体液中的病毒肽,证明了鸟枪法蛋白质组学作为SARS-CoV-2筛选方法的可行性。通过计算机生物模拟生成了针对来自5家商用仪器供应商(Thermo、SCIEX、Waters、Shimadzu和Agilent)的LCMS(液质联用)系统优化的基于胰蛋白酶的鸟枪蛋白质组学方法。首先,研究人员生成了蛋白质FASTA文件及其蛋白质消化图谱。其次,根据实验数据利用FASTA文件生成光谱库。第三,使用厂商中立和开放的Skyline软件环境从光谱库导出转化列表。最后,研究人员使用线性motif模型确定了17个翻译后修饰。
*注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。
4.附件:
原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.08.980383v1