韩国基础科学研究院于2020年3月14日在bioRxiv上发表题为“The architecture of SARS-CoV-2 transcriptome”的文章。研究人员利用两种互补的测序技术，得到了SARS-CoV-2转录组和表观转录组的高分辨率图。
文章指出，DNA纳米球测序表明，转录组非常复杂。除了所有冠状病毒中常见的基因组RNA和亚基因组RNA外，SARS-CoV-2还产生大量转录本，这些转录本编码具有融合、缺失和/或移码功能的未知ORF；使用纳米孔直接RNA测序，进一步在病毒转录本上找到至少41个RNA修饰位点，其中最常见的基序是AAGAA；修饰的RNA与未修饰的RNA相比poly（A）尾巴更短，表明内部修饰和3'端尾巴之间存在联系。作者指出，在这项研究中发现的未知ORF和RNA修饰的功能研究将为理解SARS-CoV-2生命周期和致病性开辟新的方向。