撰文 | 亦 参与同样生物学过程或组成同一复合物亚单元的基因存在共调控,这一现象在多个物种中保守【1,2】,其背后的机制包含基因沿线性基因组的局部聚类等【3,4】。 近日,欧洲分子生物学实验室的Eileen E.M. Furlon团队在Molecular Cell上发表了题为Chromatin gene-gene loops support the cross-regulation of genes with related function的文章,利用Capture-C、DNA原位荧光杂交(FISH)、遗传干扰等技术,他们发现许多同源基因会形成一个染色质环(loop)来维持其共表达,这一染色质环的破坏会使其基因表达改变,并且进一步干扰其共调控的能力。 作者首先对果蝇胚胎发生三个不同阶段进行深度的原位HiC测序,分析发现不同胚胎阶段拓扑相关结构域(TADs)的基因组架构是类似的,在TADs内部甚至多个TADs中存在许多非常高频率的loops,作者在三个时间点分别鉴定出了475,633和962个loops,特别地,作者发现这其中包含许多长程(跨越几个Mb)的loops。进一步地,他们探究...