近日,上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室在生物信息学顶级刊物《Briefings in Bioinformatics》(IF:11.622)上发表题为“T4SEfinder: a bioinformatics tool for genome-scale prediction of bacterial type IV secreted effectors using pre-trained protein language model”的研究论文。该文将人工智能方法应用于细菌IV型分泌系统效应蛋白预测的场景,提供了一款新的、适用于细菌全基因组规模的预测软件。生命科学技术学院硕士生张昱朦和张阳明为该论文的并列第一作者,生命科学技术学院欧竑宇教授和澳大利亚莫纳什大学生物医学发现研究所宋江宁副教授为该论文的共同通讯作者。 细菌IV型分泌系统分泌系统(type IV secretion system, T4SS)是由多个蛋白组件构成的跨膜装置,不仅能够介导DNA接合转移,还能将效应蛋白精准转运到真核或原核细胞中。IV型分泌系统效应蛋白(T4SE)能够影响真核细胞的基因表...