原发性肝癌的致死率在全球所有癌症中高居第三,肝细胞癌 (hepatocellular carcinoma, HCC ) 为其主要亚型,约占其所有病例的80%以上。全球每年肝癌新发病例超过一半发生在中国,且患者预后普遍较差,我国肝细胞癌患者五年总体生存率仅约为10%。肝细胞癌病因复杂,其中HCV (hepatitis C virus) 感染在日本人群最为常见,酒精、非酒精性脂肪性肝炎 (NASH) 及代谢紊乱在西方人群中占比较大,而HBV (hepatitis B virus) 慢性感染和黄曲霉毒素 (aflatoxin) 等致癌物暴露是中国肝癌人群的主要致病因素。既往的国际泛癌全基因组研究计划 (Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes, PCAWG ) 和美国癌症基因组研究计划 (The Cancer Genome Atlas, TCGA) 虽然包含了对肝癌全基因组特征的研究,但其样本主要为日本和西方人群,其结果不能全面反映中国人群肝癌的基因组特征。另一方面,这些研究采用了相对较浅的测序深度 (~30-40X) ,限制了其对全基因组层面亚克隆结构的深度...